La terre de La Bretenière était incluse dans le domaine des Comtes de Bourgogne. Ces derniers y avaient édifié une résidence, ou domaine de chasse, au lieu dit " le vieux château ".
En 1570, Martin Benoit, procureur au Parlement de Dole, obtint du roi, Philippe II d'Espagne, que La Bretenière devienne une seigneurie particulière mais il dut toutefois conclure un arrangement avec la famille des Cinq Cens qui prétendait avoir des droits plus anciens sur cette terre.
Vers 1640, Gaspard Balland achetait, aux descendants de Martin Benoit, la moitié de la terre de La Bretenière. Finalement, la seigneurie de La Bretenière ne cessa d'appartenir à la famille Balland (dont un membre épousa la fille du célèbre capitaine comtois Lacuzon ) jusqu'en 1789.
Sous l'Ancien Régime, La Bretenière était une communauté incluse dans la paroisse d'Etrepigney.
A la Révolution, en 1790, elle devint une commune indépendante.